Soul Eater raconte l'histoire de 3 jeunes apprentis faucheurs d'âmes, de l'école Shibusen, où ils apprennent à devenir de vrais faucheurs d'âmes confirmés.

 - Maka, jeune fille dont les parents sont en conflit, son père étant un peu volage...

- Black Star, dernier héritier du clan des porteurs d'étoiles responsable de nombreux massacres.

- Death The Kid, fils de Shinigami-sama, obsédé voir Maniaque de la symétrie.

 Ces jeunes gens possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses, appelées "armes démoniaques". En leurs faisant manger 99 âmes humaines et 1 âme de sorcière, les transformeront en Death Scythe, des armes démoniaques plus puissantes et plus évoluées. Leurs armes respectives sont:

 - Soul, se bat sous forme de faux, garçon sympathique et matteur.(Maka)

 - Tsubaki, se bat sous diverses formes, jeune fille de grande taille à la poitrine développée.(Black Star)

- Les soeurs Thompson, se battent sous la forme de 2 pistolets, 2 sœurs qui ont vécues dans la rue toute leur vie.(Kidd The Death)

Tout serait bien si c'était aussi simple, malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes.